למרות ההבדלים ביניהם, שירותי הביטחון הישראליים עדיין עובדים יחד כדי לחקור את אירועי ה-7 באוקטובר. לפי עיתון "הארץ", גורמים בשב"כ הצהירו בליל ה-6 באוקטובר כי הפעילות שנמצאה בעזה היא רק אימון. גם חיל המודיעין הסכים ולא יעץ להגביר את רמת הכוננות של המדינה. בעקבות המלצת השב"כ ואישורם מבכירי הצבא, לא נחשבה צורך בפעולה נוספת.
בבוקר ה-7 באוקטובר גילו סוכנויות הביון הישראליות כי פעילי חמאס ברצועת עזה הפעילו טלפונים ניידים עם כרטיסי סים ישראליים.
סימן זה לפעילות חריגה הביא לפגישה של מערכת הביטחון באותן שעות מוקדמות. הדיונים הובילו להערכה הרווחת כי מדובר בתמרון של חמאס או, במקרה הגרוע, בהכנה לניסיון לקיחת בני ערובה בהיקף מוגבל.
מלשכת ראש הממשלה, בתגובה לפניית "הארץ", נמסר כי נתניהו לא היה מודע לכך עד כה.
למרות שלא צפתה מראש את היקף חדירתם של פעילי חמאס, מערכת הביטחון פרסמה אזהרה לשירותי הביטחון בנוגע לאפשרות של ניסיון הארגון לבצע פיגוע בשטח ישראל ב-7 באוקטובר.
ההכנות המדאיגות של פעילי חמאס מעברו השני של הגבול צוינו על סמך מידע מכמה מקורות. גורמים שונים במערכת הביטחון גברו חששותיהם בעקבות מידע מודיעיני קודם, שהוביל לאזהרה זו.
בכירי הביטחון קיימו שתי התייעצויות דחופות בערב יום שישי, 6 באוקטובר, כדי להעריך האם הפעילות בעזה מעידה על כוונת חמאס לחדור לישראל.
את הייעוץ הטלפוני הראשוני ערכתי סמוך לחצות, בהשתתפות בכירי המחלקה הדרומית בשירות הביטחון הכללי (שב"ק) וחיל המודיעין. בין המשתתפים האלוף עודד בסיוק, ראש אגף המבצעים, והאלוף ירון פינקלמן, ראש פיקוד החזית הדרום. בנוסף, בהתייעצות השתתפו גם גורמים בכירים רבים נוספים מפיקוד החזית הדרום.
לרמטכ"ל צבא ישראל, אלוף הרצל הלוי, נמסר הודעה על האזהרות וקיומן של ההתייעצויות. התייעצות נוספת התקיימה בסביבות השעה 3 לפנות בוקר ביום שבת ה-7 באוקטובר, בה נכחה גם מנהלת השב"כ רונין בר.
גורמים בשב"כ טענו כי הפעילות שנמצאה בעזה הייתה כרוכה באימונים. נציגי חיל המודיעין הסכימו ולא הציעו להגביר את רמת הערנות במדינה. בהתחשב בהמלצת השב"כ ובאישור קציני צבא בכירים, התקבלה מסקנה כי אין צורך בפעולה.
השב"כ ראה שהאינדיקציות מעזה הן "אותות חלשים" שאינם מספקים מספיק מידע על פעילויות פוטנציאליות. למרות החשש בתוך הסוכנות מפיגוע חטיפה מבודד אפשרי, רק כוח משימה קטן נשלח לדרום. לא ננקטו פעולות נוספות, וצוות השב"כ פתח מאוחר יותר בלחימה בעיירת גבול, וכתוצאה מכך נפצעו חברים רבים. גורמים רשמיים החליטו לדחות את קבלת החלטות נוספות עד למחרת בבוקר, אז זה יהיה מאוחר מדי.
הצבא הישראלי ושב"כ הגיבו בכך שהטענה להפעלת 1000 שבבים ישראלים בו זמנית היא שקרית ואינה מדויקת. במקום זאת, הם הסבירו כי זוהו רק אותות בודדים, כולל הפעלות קודמות, שהובילו להפעלת המערכת ולנהלים מבצעיים בשטח.
לפי הצבא והשב"כ, בליל ה-7 באוקטובר התקבלו אותות שגרמו להערכות מצב והחלטות מבצעיות. האותות הללו מנצלים מגוון כלים ויכולות, לרבות כאלה טכנולוגיות שלא ניתן לחשוף את פעולתם ומתודולוגיה שלהם. כל האירועים והמידע מאותו לילה ייבחנו במסגרת החקירות המתנהלות בהובלת השב"כ וצבא ישראל.
סופר: חדר העריכה