שחרורו של מנהל בית החולים אל-שיפא, ד"ר מוחמד אבו סלמיה, מהמעצר עורר סערה רחבה, במהלכה החליפו ראש הממשלה ומנגנוני הביטחון האשמות. בעוד שבנימין נתניהו גילה כי לא ידע על החלטת השחרור של האסיר אלא מהתקשורת, כמו גם שר הביטחון בממשלתו, השב"כ טען כי הצעד הזה ננקט לאחר שהכלאים התמלאו באסירים, וזו משבר שהועבר לגורמים הרלוונטיים מזה זמן רב ללא כל טיפול. הדבר הבולט היה הצהרתו של השר לביטחון לאומי הקיצוני איתמר בן גביר, שהשיב על הדרישות לטפל במשבר הזה בכך ש"צמצום זכויות האסירים למינימום היה אחד המטרות החשובות שלו מאז כניסתו לתפקיד" והודה כי "כל מה שפורסם על המצב העגום שבו חיים האסירים בכלא היה נכון".
בכירים בשב"כ אמרו לערוץ 13 העברי כי האחריות לפתרון בעיית הצפיפות בבתי הכלא מוטלת על משרד הביטחון הלאומי ועל שרו. לדעתם, "עדיף שבן גביר ישקיע את מרצו בפתרון משבר הכלאים במקום להצהיר הצהרות שקריות". הפתרון פנה לביטול צווי מעצר נוספים "כי אין מקום להחזיק במעצרים".
מצדו, הכחיש משרד נתניהו את אחריותו לשחרורו של אבו סלמיה, שנעצר למשך 7 חודשים לאחר שהואשם בהסתרת "מחבלים וחטופים של חמאס", בהם נוע מרציאנו. הוא אמר כי "שחרור האסירים נעשה לאחר דיונים בבית המשפט העליון, והטיל את האחריות על בחירת זהויותיהם על גורמי הביטחון".
השב"כ אמר כי נאלץ לפעול לשחרור עשרות עצורים לאחר חלוקה מחדש של המתקן לשטח מעצר קצר מועד: "כבר כעבור שנה, מזהיר השב"כ על מחסור בבתי הכלא והמחויבות להגדלת מספר המקומות למעצר, לאור הצורך לעצור את המחבלים ביהודה ושומרון ורצועת עזה. המשבר הכלאים מוביל לביטול יומי של מעצרים של חשודים, ולהשפעה ישירה על ביטחון המדינה". הוא ציין כי "ההודעות האלה, שנשלחו לכל הגורמים הרלוונטיים - ובראשם משרד הביטחון הלאומי - לא היו יעילות". בהתייחס לכך שמספר האסירים הפלסטינים הגיע לאחר ה-7 באוקטובר ליותר מ-9,450 אסירים.
עיתון ידיעות אחרונות העברי מערער על גרסת השב"כ. ומעביר על ידי בכירים בשירות בתי הסוהר כי יש "תמונות שמראות כוח של לוחמי הכלא נכנסים לתא שבו שהה העצור, ששוחרר: יש לו מיטה וישנם אסירים נוספים בתאו עמו, ולכן הטענה המלאה שהוא הוצא בגלל שאין מקום לשחרור אינה נכונה". הוא הוסיף "המיטה עדיין מחכה לו". אז מה באמת מאחורי שחרורו?
יש שאומרים כי המחלוקות בין הרמות הפוליטיות והביטחוניות, כולל הצבא, הגיעו לרמות מתקדמות ולכל אחד מהגורמים השונים יש את חשבונותיו הפרטיים. ואם הממשלה עדיין פעילה, זה תוצאה של הלחצים האמריקניים מצד אחד, והרצון הישראלי לשמור על לכידות הממשלה במהלך המלחמה, והמצב הזה עשוי להשתנות עם תחילת הפסקת האש. כי העברת האשמות בין הצדדים שהחלה מאז ה-7 באוקטובר והתגברה עם המשך הכישלון בניהול המלחמה, הגיעה לכדי עוררות ספקות אצל נתניהו והמעגל הקרוב אליו כי יש "הפיכה או מרד" שעשוי להיות בקרוב.
בראיון לערוץ 14, נשאל בן גביר אם הוא סבור ש"ראש השב"כ שחרר את המחבלים, כולל מנהל בית החולים אל-שיפא, כדי לשים אצבע בעין שר הביטחון הלאומי?" הוא השיב: "הוא סבור שצריך לשלוח מסר לעולם. הם לא חיים בתנאים טובים, אלא חיים בתנאים של בן גביר".
הצטרף גם שר הפנים משה ארבל להתקפה, ואמר: "אני רוצה לחזק את ידיו של ראש השב"כ, רונן בר, ועובדי הארגון ולוחמיו. אין מקום לשיח הזה נגד עובדי הציבור שמסכנים את חייהם למען הגנת המדינה. מצופה מראש הממשלה למנוע את ההתקפה האכזרית הזאת עליהם. ההבדלים בדעה כן. ההתקפה והאשמה של הפיכה צבאית היא רעל שאין להנרמל ולהכיל".